第二，褚英地位迅速上升。《无圈点老档》开篇记载：万历三十五年（1607年），褚英28岁，在乌碣岩之战中，立下大功，被赐号阿尔哈图土门（汉语为“广略”之意，也就是“大智勇”的意思）。第二年，褚英偕贝勒等率军进攻乌拉，攻克宜罕山城。旋因居长，屡有军功，被授命执掌国政（《清史列传褚英》）。这年他29岁。
但是，“福兮祸之所伏”。褚英执掌国政，对这位年轻贝勒来说，是福还是祸？
褚英柄政之后，因年纪轻，资历较浅，而又心胸偏狭，操切过急，受到“四贝勒”、“五大臣”内外两方面的反对。
“四贝勒”即努尔哈赤“爱如心肝”的四个子侄：次子代善、侄子阿敏、五子莽古尔泰、八子皇太极。
代善是褚英的胞弟，比褚英小3岁；阿敏是褚英的堂弟、舒尔哈齐第二子，父亲死后被努尔哈赤收养；莽古尔泰是褚英的五弟，作战骁勇，骑射精通；皇太极是褚英的八弟，聪睿精明，武艺高强。他们拥权势、统军队、厚财帛、领部民，以德、功、长、能，于天命元年（1616年）被授为和硕贝勒。
建州没有立嫡以长的传统，诸弟们不满于褚英当世子、主国政的地位。但他们如果直接上告对长兄的不满，似有争嗣之嫌，于是同“五大臣”联合，倾轧褚英。
“五大臣”就是努尔哈赤“信用恩养、同甘共苦”的费英东、额亦都、何和里、安费扬古、扈尔汉。他们早年便追随努尔哈赤，威望高，权势重，历战阵，建殊勋，攻克图伦城时褚英尚在襁褓之中。
五大臣也不满于褚英专军机、裁政事的地位，力求同“四贝勒”结合，共同扳倒褚英。“五大臣”首告嗣储褚英，似有贰心之嫌。
从褚英方面来说，他对“五大臣”这样建州的“柱石”和“元勋”，缺乏谦恭的态度；对诸弟又没有笼络的智术，而是想趁父汗努尔哈赤在世时，逐渐削夺他们的财富和权力，以便巩固自己的储位。这样的做法使“四贝勒”与“五大臣”人人自危，更促进了他们的联合。由是，褚英陷于孤立。
双方矛盾的逐渐明朗化和日渐激化，使努尔哈赤不得不在长子褚英和“四贝勒”、“五大臣”之间作一个抉择。他反复权衡，最终决定疏远褚英。尔后两次进攻乌拉，努尔哈赤都没有派褚英出征，而让他在家留守。
褚英并没有从中汲取教训，反躬自省，暗自韬晦。相反，《清史稿褚英传》记载：“褚英意不自得，焚表告天自诉”，于是获“咀呪”之罪（《清史稿》卷二一六）。万历四十一年（1613年）三月二十六日，努尔哈赤命将长子褚英幽禁在高墙之中。
“四贝勒”和“五大臣”借机联合向努尔哈赤告发褚英。努尔哈赤让他们每人写一份文书呈送。《满文老档太祖》癸丑年即万历四十一年（1613年）记载他们控告褚英的“罪状”是：
第一，褚英挑拨离间，使“四贝勒”、“五大臣”彼此不和；
第二，声称要索取诸弟贝勒的财物、马匹，引起诸弟不满；
第三，曾言：“我即位后，将诛杀与我为恶的诸弟、诸大臣。”
这些罪状无疑加速了褚英的悲剧进程，而他此时已经失去了申辩的权利。
万历四十三年（1615年）八月二十二日，褚英死，年仅36岁。后葬在清东京陵。
褚英是病死，是幽禁而死，还是被处死？在褚英死后300多年时间里一直是一个历史之谜。《清史列传褚英传》记载：“乙卯闰八月（《无圈点老档》记作“八月”），死于禁所。”也没有交待褚英的死因。《满文老档》记载褚英事迹也很简略。
褚英死因之谜是怎样被揭开的呢？事情是这样的：
1962年，在台湾台中市雾峰北沟故宫博物院地库里，发现了《满文老档》（即《无圈点老档》）。后广禄、李学智先生以《老满文原档》为书名加以介绍。
1969年台北故宫博物院加以影印出版，以《旧满洲档》作书名，陈捷先教授撰写长文介绍。在中国第一历史档案馆，清朝在乾隆时期对这份“老档”的整理与重钞的档案。当年官员从满本堂（收藏满文档案房）借还书以及呈送时都用《无圈点老档》这个名字，于是称它作《无圈点老档》，并且对其七部重钞本也分别定了名称。《无圈点老档》中对褚英之死作了记载，从而解开了褚英死因之谜：
聪睿恭敬汗以其长子阿尔哈图图们，心术不善，不认己错，深恐日后败坏治生之道，故令将其囚居于高墙内。经过二年多之深思，虑及长子若生存，必会败坏国家。倘怜惜一子，则将危及众子侄、诸大臣和国民。遂于乙卯年聪睿恭敬汗五十七岁，长子三十六岁，八月二十二日，始下决断，处死长子。
乾隆皇帝在命臣工重钞《无圈点老档》时，谕旨圈画删掉努尔哈赤命杀死长子褚英这段重要史料，是为亲者、尊者、贵者、贤者讳，不让创建龙兴大业的太祖，留下残暴的痕迹。
在这里我顺便说一下，满洲宗室有个传统，父亲获罪死后，并不影响其子被任用。比如舒尔哈齐死后，子阿敏后位列四大贝勒，济尔哈朗爵郑亲王、官至摄政王；褚英被杀，他的三个儿子，长子杜度后为贝勒，三子尼堪后为亲王，都受到重用。
几百年来，人们一直在探询：努尔哈赤究竟为什么在短短几年时间里，幽死胞弟，杀死亲子，骨肉相残，做出这么违背常理的事情？要知道，舒尔哈齐、尤其是褚英，不仅是他的骨肉至亲，而且是他创业过程中的得力助手、股肱之臣，究竟是什么样的原因，最终促使努尔哈赤下定决心杀害他们呢？