贞观九年（公元635年，乙未年）
这年春天正月，之前归附唐朝的党项人，全都反叛，跑去投靠吐谷浑了。到了三月庚辰日，洮州的羌人也反叛，投入吐谷浑怀抱，还把刺史孔长秀给杀了。
壬辰日，皇帝大赦天下。
乙酉日，盐泽道行军总管高甑生去攻打反叛的羌人，还真把他们打败了。
庚寅日，皇帝下诏说：以前把百姓财产分为三等，不够详细，现在重新分为九等。
皇帝跟魏征聊天，说：“齐后主和周天元这俩货，都使劲压榨老百姓，自己可劲享受，最后国力耗尽，国家就亡了。这就好比馋嘴的人吃自己身上的肉，肉吃完了自己也死翘翘，咋这么傻呢！你说他俩谁更差劲？”魏征回答：“齐后主这人太懦弱，朝廷政令乱七八糟，好多人都能发号施令；周天元呢，又骄横又残暴，赏罚大权都在他一人手里。虽说他俩都把国家搞没了，但相比之下，齐后主更垃圾。”
夏天闰四月癸酉日，任城王道宗在库山把吐谷浑给打败了。吐谷浑可汗伏允一看形势不妙，把周围野草全烧光，带着轻装部队逃进沙漠里。唐朝的将领们都觉得：“咱的马没草吃，又累又瘦，这可不能深入沙漠去追啊。”侯君集不同意，说：“可别这么想。之前段志玄的军队刚回到鄯州，敌人就追到城下了。为啥呢？就是因为敌人实力还强，手下人也愿意为他卖命。现在他们刚吃了败仗，就跟老鼠、鸟儿一样四处逃窜，连侦察兵都没了，君臣离心，父子失散，这时候拿下他们，就跟弯腰捡根草一样容易。要是现在不抓住机会，以后肯定后悔。”李靖觉得侯君集说得在理，就听了他的。然后把军队分成两路：李靖和薛万均、李大亮走北路，侯君集和任城王道宗走南路。戊子日，李靖的部将薛孤儿在曼头山又把吐谷浑打败了，还杀了他们一个有名的王，缴获好多牲畜，正好给军队当粮食。癸巳日，李靖等人在牛心堆和赤水原又连续打败吐谷浑。侯君集和任城王道宗带兵在荒无人烟的地方走了两千多里，大夏天的居然还下霜。他们经过破逻真谷的时候，那地方没水，人只能啃冰块，马只能吃雪。五月，他们在乌海追上伏允，跟他打了一仗，把伏允打得屁滚尿流，还抓住了他手下有名的王。薛万均、薛万彻在寺海也把天柱王打败了。
太上皇从上一年秋天就得了风疾，庚子日，在垂拱殿去世了。甲辰日，大臣们请皇帝按照太上皇的遗诰处理军国大事，皇帝没答应。乙巳日，皇帝下诏让太子承乾在东宫处理日常政务。
在赤水之战的时候，薛万均、薛万彻兄弟俩带着轻骑兵冲在前面，结果被吐谷浑包围了。兄弟俩都中枪了，没办法下马跟敌人搏斗，跟着他们的骑兵死了十有六七。左领军将军契苾何力带着几百骑兵赶来救援，拼了命地攻击，那叫一个勇猛，所向披靡，薛万均、薛万彻这才逃过一劫。李大亮在蜀浑山也打败了吐谷浑，抓住了他们二十个有名的王。将军执失思力在居茹川也把吐谷浑打得大败。李靖带着各路军队经过积石山河源，一直打到且末，把吐谷浑西边的边境都给捣毁了。听说伏允在突伦川，打算逃到于阗去，契苾何力就想追上去袭击他。薛万均因为之前吃了败仗，心有余悸，坚决说不行。契苾何力说：“这些敌人又没固定的城池，都是跟着水草到处迁徙。要是不趁着他们聚居的时候去攻打，等他们一下子散开，哪还能端了他们的老巢啊！”说完，他自己挑选了一千多勇猛的骑兵，直接冲向突伦川，薛万均没办法，只好带兵跟着他。沙漠里没水，将士们渴得没办法，只能刺马脖子，喝马血。他们成功袭击了伏允的营帐，杀了几千人，缴获二十多万头牲畜，伏允自己倒是逃脱了，但他的老婆孩子都被俘虏了。侯君集等人继续前进，越过星宿川，到达柏海，然后回来和李靖的军队会合。
大宁王顺，他是隋朝的外甥，也是伏允的嫡长子，之前在隋朝当人质，一直回不去。伏允就立了其他儿子当太子，等顺好不容易回国，心里一直不痛快。正好李靖把吐谷浑打得差不多了，国内的人日子不好过，都埋怨天柱王。顺就趁着大家的不满，把天柱王杀了，然后整个国家请求投降唐朝。伏允带着一千多骑兵逃到沙漠里，过了十几天，手下人都跑光了，最后被身边的人给杀了。吐谷浑的人就拥立顺为可汗。壬子日，李靖上奏说已经平定吐谷浑。乙卯日，皇帝下诏恢复吐谷浑的国家，封慕容顺为西平郡王、趉故吕乌甘豆可汗。皇帝又担心顺没办法服众，就命令李大亮带着几千精兵去给他撑腰。
六月己丑日，大臣们又请皇帝处理政务，皇帝答应了，但小事还是让太子处理，太子处理得还挺像那么回事儿。从这以后，皇帝每次出去巡游，经常让太子留在京城监国。
秋天七月庚子日，盐泽道行军副总管刘德敏去攻打反叛的羌人，把他们打败了。
丁巳日，皇帝下诏说：“给太上皇修陵墓，要按照汉朝长陵的规格来，一定要隆重厚实。”但时间太紧，工程进度跟不上。秘书监虞世南就上疏说：“圣人给亲人薄葬，可不是不孝顺，而是想得长远，觉得厚葬反而会给亲人带来麻烦，所以才不这么做。以前张释之说过：‘要是坟墓里有让人惦记的东西，就算把南山封起来，也还是会有缝隙被人钻。’刘向也说：‘人死了没个尽头，但国家有兴盛衰败，张释之的话，是为了长远考虑啊。’他们说得太有道理了。陛下您圣德超过唐尧、虞舜，可给亲人厚葬却学秦汉的做法，我觉得陛下这样不太好。就算里面不藏金银玉器，后世的人看到这么大的坟包，怎么知道里面没有宝贝呢！而且现在守孝已经按照汉文帝霸陵的制度来，可坟墓的规格却按照汉长陵来，恐怕不合适。希望能按照《白虎通》的标准，修个三仞高的坟，陪葬的器物啥的都节省点，再在陵墓旁边刻块石碑，另外写一份保存到宗庙里，作为子孙后代永远遵循的规矩。”奏疏交上去后，皇帝没回应。虞世南又上疏说：“汉朝天子一即位就开始修陵墓，时间长的修了五十多年。现在想在几个月内完成几十年的工程，恐怕人力跟不上啊。”皇帝这才把虞世南的奏疏交给有关部门，让他们详细讨论该怎么办。房玄龄等人商量后说：“汉长陵高九丈，原陵高六丈，现在修九丈太高了，三仞又太低，不如就按照原陵的规格来吧。”皇帝同意了。
辛亥日，皇帝下诏说：“国家刚建立的时候，宗庙制度不完善，现在要把祖先牌位迁到太庙合祭，让礼官好好讨论一下。”谏议大夫朱子奢建议设立三昭三穆的牌位，空着太祖的位置。于是就增修太庙，把弘农府君和高祖以及原来的四个神主合在一起，变成六个牌位。房玄龄等人建议把凉武昭王作为始祖。左庶子于志宁不同意，说武昭王不是开创王业的根基，不能当始祖，皇帝听了他的建议。
党项人又来侵犯叠州。
李靖攻打吐谷浑的时候，给党项人送了不少好处，让他们当向导。党项酋长拓跋赤辞来了，对各位将领说：“隋朝人不讲信用，就喜欢抢我们东西。要是你们各位没别的心思，我就给你们提供物资粮食；要是不怀好意，我就占据险要地方，堵住你们的路。”将领们跟他盟誓后就把他打发走了。赤水道行军总管李道彦行军到阔水的时候，看到赤辞没防备，就偷袭他，抢了几千头牛羊。这下党项人可气坏了，都聚集在野狐峡，李道彦没法前进。赤辞反过来攻击他，李道彦被打得大败，死了好几万人，只能退守松州。左骁卫将军樊兴磨磨蹭蹭，错过了行军日期，手下士兵也死的死、逃的逃。乙卯日，李道彦和樊兴都被判了死罪，后来减免为流放边疆。
皇帝派人到了大斗拔谷犒劳将领们，薛万均趁机诋毁契苾何力，把功劳都往自己身上揽。契苾何力气得不行，拔刀就要杀薛万均，还好被其他将领拦住了。皇帝听说这事，责备契苾何力，契苾何力就把事情原原本本说了一遍。皇帝听了很生气，想撤了薛万均的官职，把职位给契苾何力。契苾何力坚决推辞，说：“陛下因为我的缘故撤了万均的官，那些胡人不懂事，会觉得陛下重视胡人轻视汉人，到时候互相诬告，争权夺利的事肯定越来越多。而且要是让胡人觉得将领都像万均这样，他们就会有轻视汉人的想法。”皇帝觉得他说得对，就没这么做。不久之后，让契苾何力在北门担任宿卫，负责检查屯营事务，还把宗女临洮县主许配给他。
岷州都督、盐泽道行军总管高甑生没按时到达指定地点，李靖就按军法处置他。高甑生怀恨在心，居然诬告李靖谋反，后来一查根本没这回事。八月庚辰日，高甑生被判死罪，减免为流放边疆。有人说：“高甑生是秦王府的功臣，能不能从轻发落？”皇帝说：“高甑生不听李靖指挥，还诬告他谋反，这种事都能宽容，那法律还有啥用！再说了，国家从晋阳起兵，功臣多了去了，要是高甑生能免罪，那以后人人都犯法，还怎么管得住！我对老功臣一直没忘，但这事真不能赦免他。”李靖从此关起门来，拒绝见宾客，就算是亲戚也不能随便见。
皇帝想亲自去园陵祭祀，大臣们看皇帝因为太上皇去世，伤心过度，身体瘦弱，都坚决劝阻，皇帝只好作罢。
冬天十月乙亥日，处月初派使者来进贡。这处月、处密，都是西突厥的分支。
庚寅日，把太武皇帝葬在献陵，庙号定为高祖；穆皇后也一起合葬，加号太穆皇后。